Vera Fischer wurde in Basel/Schweiz geboren und absolvierte ihre Ausbildung als Querflötistin an der Musikhochschule Zürich bei Günter Rumpel und Philippe Racine, wo sie ihre Studien mit dem Lehr-, Orchester- und Konzertdiplom abschloss.
Vera Fischer konzertierte in zahlreichen Kammermusikformationen sowie im Orchester der Oper Zürich. Bereits während ihrer Ausbildung galt ihr spezielles Interesse den vielfältigen Ausdrucksmöglichkeiten der zeitgenössischen Musik. Sie hat seither in verschiedensten Formationen bei Uraufführungen von Solo- und Ensemblewerken mitgewirkt.
Vera Fischer wurde für ihre Arbeit als Flötistin mehrfach mit Preisen ausgezeichnet: Sie erhielt den Studienpreis des Migros-Genossenschafts-Bundes und der Ernst Göhner-Stiftung. 1999 verlieh ihr die Gemeinde Riehen/Basel den Kulturpreis.
Seit 2009 unterrichtet Vera Fischer im Rahmen des vom Klangforum Wien geleiteten Masterstudienlehrgangs „Performance Practice in Contemporary Music“ an der Kunstuniversität Graz. Außerdem betreute sie gemeinsam mit Björn Wilker das Projekt „Nachbarn“, ein Musikvermittlungsprojekt des Klangforum Wien.
Ein besonderer Schwerpunkt ihrer Unterrichtstätigkeit liegt im Bereich Körper- und Atemcoaching. Seit 2022 studiert Vera Fischer Musikphysiologie an der Zürcher Hochschule der Künste.
Vera Fischer ist seit 1999 Mitglied des Klangforum Wien.